Hovedstyret (HS) er det øverste valgte organet i Misjonskirken Norge. Nasjonalt råd og Internasjonalt råd bistår Hovedstyret innenfor sine områder. Predikant- og menighetsrådet er et rådgivende organ for Hovedstyret.

Generalforsamlingen velger seks medlemmer og to varamedlemmer til Hovedstyret, for to år av gangen. Styret består dessuten av ett medlem fra Misjonskirken UNGs landsstyre, ett medlem av styret i Predikant- og misjonærforening (PMF) og ett medlem fra styret for Ansgarskolen AS.

Hovedstyret skal lede virksomheten gjennom å utarbeide strategier, innstille til saker for Generalforsamlingen, oppnevne representanter til forskjellige fora, samt forvalte eiendommer og økonomiske midler. Styret har arbeidsgiveransvaret for ansatte i Misjonskirken Norge, med generalsekretæren som daglig leder.

Leder Bente Elisabeth Nome Næser

Hovedstyret 2016-2018:
Bente Elisabeth Nome Næser (leder), Rita Nottveit (nestleder), Mangfred Vangstad, Merete Forsdahl, Per Ivar Aase, Karen Marie Oma, Gordon Møskeland, Erling Hellum (Ansgarskolen), Erik Andreassen (PMF), Hans Jørgen Dahl (1. vara), Ingar A. Eilertsen (2.vara).